最新进展:

1. DNA测序界还在等待纳米孔测序技术的到来

2. Bioinformatics:超级计算机大大促进基因组快速分析

3. 2014年有望实现的10大前沿技术

4. 《Methods》-多个RNA-Seq数据集可变剪接的整合分析

5. 《Genome Biol》-A comprehensive evaluation of assembly scaffolding tools

6. 《Science》-亚细胞原位RNA-Seq

7. Genome Biology》-玉米lncRNAs的全基因组鉴定

8. 《Front Genet》—基于Illumina从头转录组重建的质量评价[复制链接]

9. 《Bioinformatics》-ngsCAT:靶向富集测序有效性评价工具 [复制链接]

10. 《Bioinformatics》-短RNA-Seq读段的从头转录组组装 [复制链接]

11. 《Bioinformatics》-SeqGSEA:RNA-Seq数据基因富集分析软件包[复制链接]

12.《Bioinformatics》-超算与全基因组平行分析[复制链接]

13. 《PNAS》-功能变化中分子进化的可预测性 [复制链接]

14. 《PLoS Genet》-单细胞基因组:进展与展望 [复制链接]

15. 《PLoS Genet》-基因组测序数据的关系评价[复制链接]

16. 《Nature Reviews Genetics》-NGS与人群历史重建 [复制链接]

17. 《NAR》-人类与小鼠基因组比对新方法 [复制链接]

18. 《Genome Res》-脊椎动物中的可移动绝缘子[复制链接]

19. 《Front Oncol》-单细胞基因组学的生信挑战 [复制链接]

20. 《Bioinformatics》-群体遗传学及进化基因组在线工具 [复制链接]

21. 《Genome Biology》-基于机器学习的外显子剪接预测 [复制链接]

22. 《Bioinformatics》-ngsTools:NGS群体遗传学分析方法 [复制链接]

23. 《BMC Res Notes》-SeqBench:外显子组测序整合分析平台[复制链接]

24. 《Lab Invest》-NGS大规模检测microRNA表达谱[复制链接]

25. 《PLoS One》-Sebnif:新型lincRNAs鉴定的生信流程 [复制链接]

26. 《Curr Genomics》-Computational approaches in detecting non- coding RNA[复制链接]

27. 《Front Genet》-NGS测序质量评估工具[复制链接]

28. 《PLoS Genet》-1000基因组计划与低频突变:颠覆性发现[复制链接]

29. 《Genome Res》-外显子组测序与跨物种表型比较[复制链接]

30. 《OMICS》-RNA-Seq技术及其在鱼类转录组中的应用[复制链接]

31. 《PLoS One》-Illumina NGS数据Read Trimming评估[复制链接]

32. 《Gigascience》-Galaxy tools to study genome diversity[复制链接]

33. 《J Genet》-Time for the zebrafish ENCODE[复制链接]

34. 《Bioinformatics》-GIIRA:利用RNA-Seq发现新基因

35.TSSer:原核RNA-Seq数据TSS分析软件

36. 《Nature Methods》-单细胞定量RNA-seq

37. 《Nature Biotechnology》-高通量RNA测序的可重复性 attachment

38. NGS组装:数据处理的4个阶段

39. -de novo RNA-Seq数据功能及比较分析工具

40. 转录谱数据的选择性差异表达检测

41. 《Nature Reviews Genetics》-Scaffolding DNA assemblies by 3D proximity

42. 《Pac Symp Biocomput》-NGS时代的ncRNA生物信息学

43. ISRNA:在线分析small RNA高通量测序数据工具软件 新人帖

44. 《Bioinformatics》-Gene Sets Net Correlations Analysis (GSNCA)

45. 《AJHG》-lincRNA的基因表达调控

46. 《Genome Res》-922例RNA-Seq数据确定转录组多样性

47. 全基因组重测序数据分析方法

48. 《NAR》-1000 Genomes Selection Browser 1.0

49. 《NAR》-miRBase:基于NGS的microRNA注释

50. 《Bioinformatics》-RNA-Seq数据中可变剪接的影响

51. 《Bioinformatics》-计算生物学的过去、现在及将来

52. 《Nature Biotechnology》-单细胞纳米孔大规模平行测序

53. 《Nature Reviews Genetics》-高分辨网络生物学:连接序列与功能

54. 《JAMA Neurol》-从GWAS到NGS:经验与展望

55. 《Annual Review of Genetics》-基因组的自然选择

56. 《Annual Review of Genetics》-人群全基因组分析方法述评

57. 《Annual Review of Genetics》-新基因进化:知之甚少

58. 截止2013年10月已发表动物基因组信息收录

59. 《Bioinformatics》-Model-Based Clustering for RNA-Seq Data

60. 《Nature Methods》-RNA-seq转录本重建方法的系统评价

61. 《Nature Methods》-RNA-seq剪接体比对软件的系统评价

62. 《Nature Biotechnology》-基于染色体互作的de novo基因组组装

63. 《Genome Res》-后ENCODE时代的功能转录组学

64. 《NAR》-NGS与RNA进化

65. 《Nature Methods》-单细胞RNA-Seq的定量评价

66. 《Bioinformatics》-SOAPfusion:利用RNA-seq预测基因融合

67. 《Cell》-NGS的革命性意义

68. 《Bioinformatics》-STAR:测序数据整合分析软件

69. 《Genome Res》-脊椎动物microRNA靶点的可进化性

70. 《AJHG》-1000外显子组计划的意外收获

71. 《NAR》-NGS 数据de novo motif检测工具

72. 《Bioinformatics》-customProDB:基于RNA-Seq的蛋白组研究R包

73. 《Nat Rev Genet》-人类适应性的近期进展

74. 《Annu Rev Genet》-动物起源的基因及细胞基础

75. 《Bioinformatics》-miREval 2.0:microRNA在线预测工具

76. 《Genome Res》-基于原核RNA-seq确定其蛋白组

77. 《Genome Med》-人类基因组计划:真正的大科学

78. Bioinformatics》-基因组水平预测的真实性与重复性评价

79. 《Nature》-转录组及基因组测序与人类功能性突变

80. 《Evol Bioinform Online》-基于短读段比对的进化分析工具

81. 《Sci Rep》-NexABP:基于NGS数据构建进化树

82. 《Bioinformatics》-序列从头组装的统计学解释

83. 《Bioinformatics》-BioPig:基于Hadoop的大规模测序数据分析包

84. 《Genome Biology》-RNA-seq分析基因差异表达的综合评价

85. 《Plant J》-基于群体测序的NGS contig组装

86. 《Genome Biol》-组学数据及后ENCODE模式的计算挑战

87. 《Genome Res》-人微生物组研究的meta分析

88. 《Bioinformatics》-NGS图形化编辑器

89. 《Bioinformatics》-The MaSuRCA genome Assembler

90. 《Genome Biology》-阿波罗:基于网络的基因组注释编辑平台

91. 《Cold Spring Harb Perspect Med》-DNA复制时代的来临

92. 《PLoS One》-文库制备对RNA-Seq数据分析和解释的影响

93. 《Bioinformatics》-基于RNA-Seq的转录本鉴定及定量同步分析

94. Methods Mol Biol》-ChIP-Chip及ChIP-Seq数据的整合分析

95. 《Trends Genet》-外显子组测序数据的进一步挖掘

96. 《NAR》-基因簇多水平组学数据的整合分析

97. 《PNAS》-大基因组从头组装的assembler

98. 《Genome Res》-利用NGS数据评估近交系数

99. 《PNAS》-人类功能基因组前景展望

100. 《PLoS One》-TCW:转录组计算工作室

101.《PLoS Comput Biol》-GEMINI:基因变异及基因组注释整合工具

102.利用MOSAiCS对ChIP-seq数据进行统计分析

103.GLiMMPS:RNA-Seq预测可变剪接统计模型

104.《NAR》-遗传密码与达尔文进化

105.《Genome Biology》-机器学习与基因组注释

106.《Development》-斑马鱼母源及父源转录组的确定

107.《Front Genet》-综述:发现microRNA的计算机工具

108.BMC genomics转录组测序多深才够

109.《BMC Bioinformatics》-转录组数据大批量分析平台

110.《NAR》-ComiR:microRNA靶点预测工具

111.《BMC Genomics》-进化基因组短读段RNA-seq数据从头组装的优化

112.《Bioinformatics》-RNA-Seq分析流程

113.《PLoS Genet》-转座元件与lncRNA的起源、多样化及调节

114.《Nat Rev Drug Discov》-基因测序的商业前景

115.《Genome Res》-社会性昆虫的基因组进化

116.《Genome Biology》-TopHat2:插入、缺失及融合转录组的比对

117.《PNAS》-ChIP-seq主成分差异分析

118.《Bioinformatics》-从已有文献提取序列的文本挖掘工具

119.《Genome Res》-基因表达与人类适应性

120. 《Genome Biol》-转座子元件与ES特异性LncRNA

121. 《Brief Bioinform》-常用NGS数据差异分析工具的调查分析

122. 《Genome Res》-基于结构的全基因组重比对发现新ncRNA

123.《Nat Biotech》-RNA-seq数据基因调控的差异表达分析 attachment

124. 《Nat Rev Genet》-下一代蛋白质组学

125. 《NAR》-ChIPBase:基于ChIP-Seq的LncRNA及microRNA数据库

126. 《Genome Res》-GENCODE v7中的人类LncRNA:结构、进化与表达

127. 《NAR》-Noncoder:基于外显子检测的lncRNA分析平台

128. Nature Protocols:基于模型的ChIP-Seq分析(MACS)方法

129. 《Nat Methods》-基因组、转录组、蛋白质及代谢组的整合

130.《Nature Biotechnology》-纳米通道测序的序列组装及回贴

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